Józef urodził się 13 marca 1911 r. w Siedliskach koło Rzeszowa. Był siódmym z dziewięciorga dzieci Wojciecha Kowalskiego i Zofii Borowiec. W szkole wyróżniał się bystrością umysłu, pilnością, pobożnością i duchem apostolskim. W 1927 roku wstąpił do nowicjatu salezjańskiego w Czerwińsku nad Wisłą. Podczas drugiej wojny światowej, a dokładnie 23 maja 1941 roku wraz z innymi salezjanami pracującymi w parafii w Krakowie na Dębnikach, został aresztowany. Gorliwa praca salezjanów, bardzo nie podobała się i złościła Niemców. Błogosławiony wraz z współbraćmi trafił do obozu w Oświęcimiu.
Ks. Kowalski nie załamał się pomimo okrutnej rzeczywistości obozu. Był dla współwięźniów wsparciem i pocieszeniem w utrapieniu. Kiedy tylko było to możliwe, sprawował Eucharystię i szafował sakramenty – chociaż wiedział, że jest to surowo karane. Towarzyszył konającym, udzielając im rozgrzeszenia na drogę do wieczności. Błogosławiony całą swoją obecność w obozie poświęcił Bogu. W swoim pierwszym liście napisał: „Bądźcie o mnie spokojni, jestem w rękach Boga”.
W ostatni dzień maja 1942 roku rozeszła się w obozie wiadomość o transporcie księży z Oświęcimia do obozu w Dachau, gdzie jak sądzono, była większa możliwość przetrwania. W grupie 60 księży przygotowanych do transportu, znalazł się również ks. Kowalski. Jednak został on wyłączony z tej grupy, ponieważ nie wykonał rozkazu esesmana, który kazał mu podeptać różaniec. Gdy odbywał karę w karnej kompanii, żołnierze prześcigali się w okrucieństwie wobec więzionych. Księdzu Kowalskiemu kazali wejść na beczkę i przy akompaniamencie szyderstw, udzielić konającemu rozgrzeszenia. Błogosławiony z pogodną twarzą odmówił za konających i zmarłych współwięźniów błaganie do Boga Ojca. Była to modlitwa wielka, pełna cierpienia i szczerości aż do bólu. Po modlitwach kapo zepchnął go z beczki i skopał. Zbity kapłan, z trudem powrócił wieczorem na swój blok.
Za miłość do Matki Bożej i różańca przyszło mu zapłacić najwyższą cenę. W nocy na salę wszedł kapo Józef Miast i wezwał leżącego na pryczy ks. Józefa, który zanim wyszedł oddał pozostałym ostatnią kromkę chleba, mówiąc: „Módlcie się za mnie i moich prześladowców”. Po tych słowach, ks. Józef Kowalski został zmasakrowany i utopiony w beczce z fekaliami.
Oddał życie 4 lipca 1942 roku. Papież Jan Paweł II, w roku 1999, beatyfikował go w grupie 108 polskich męczenników w Warszawie.
kl. Artur Liashneuski SDB